จากกรณี คณะกรรมาธิการการป้องกันและปราบปรามการทุจริตประพฤติมิชอบ (กมธ.ป.ป.ช.) สภาผู้แทนราษฎร ที่มี นายอภิชาติ ตีรสวัสดิชัย สส.สกลนคร พรรคเพื่อไทย เป็นประธาน ได้มีวาระพิจารณาตรวจสอบการจัดซื้อจัดจ้างพิมพ์หนังสือแบบเรียนองค์การค้า ของสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมสวัสดิการและสวัสดิภาพครูและบุคลากรทางการศึกษา (องค์การค้าของ สกสค.) ในประเด็นองค์การค้าของ สกสค.ค้างชำระค่าลิขสิทธิ์ต้นฉบับกระทรวงศึกษาธิการ รายวิชาภาษาไทย และกลุ่มสาระอื่น ๆ ซึ่งสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน( สพฐ.)เป็นเจ้าของลิขสิทธิ์ โดย ผู้แทนจาก สพฐ. ได้ชี้แจงว่า การเรียกเก็บค่าลิขสิทธิ์ต้นฉบับของสพฐ.เป็นการดำเนินการตามระเบียบกระทรวงศึกษาธิการ ว่าด้วยการเรียกเก็บค่าลิขสิทธิ์สื่อการเรียนรู้การศึกษาขั้นพื้นฐานและการศึกษาปฐมวัย พ.ศ.2552 โดยกำหนดให้ สพฐ.นำส่งต้นฉบับพร้อมลิขสิทธิ์ให้กับหน่วยงานที่ดำเนินการผลิตหนังสือแบบเรียน โดยในส่วนขององค์การค้าของ สกสค. ได้รับลิขสิทธิ์พิมพ์หนังสือแบบเรียนของ สพฐ.ทุกปีการศึกษา ซึ่งต้องชำระค่าลิขสิทธิ์หนังสือแบบเรียนแยกตามระดับชั้น ในอัตราร้อยละ 3,5,10 และ15 แต่ยอมรับว่า ปัจจุบัน องค์การค้าของ สกสค. ได้ค้างชำระค่าลิขสิทธิ์ สพฐ.อยู่กว่า 200 ล้านบาท ซึ่งเป็นยอดค้างชำระสะสมมาตั้งแต่ปี 2559 นั้น
เมื่อวันที่ 17 ตุลาคม 2568 ศ.นฤมล ภิญโญสินวัฒน์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เปิดเผยว่า ตนได้รับทราบจาก ดร.สุเทพ แก่งสันเทียะ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการ ว่า เรื่องนี้น่าจะเป็นความเข้าใจผิด เนื่องจากแต่เดิมที่ไม่มีการทวงหนี้เพราะเห็นว่าองค์การค้าฯ ขาดทุนทุกปี และเพิ่งได้มามีกำไรก็ตอนที่ได้ ลิขสิทธิ์ พิมพ์หนังสือ ของ สถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (สสวท.)เมื่อปีการศึกษา2564ทำให้มีรายได้ขึ้นมาบ้าง สพฐ.จึงได้เริ่มทวงหนี้อย่างจริงจัง ที่ผ่านมาไม่ใช่ไม่ทวง แต่น่าจะไม่รู้ว่าจะทวงอย่างไรเพราะเห็นว่าองค์การค้าขาดทุนอยู่
ส่วนตำแหน่งผู้อำนวยการองค์การค้าฯที่ยังว่างอยู่ก็ได้มีการหารือกับคณะกรรมการองค์การค้าฯแล้วว่าถ้ายังไม่มีผู้บริหารตัวจริงก็จะทำให้การขับเคลื่อนเป็นไปด้วยความยากลำบาก ซึ่งจะมีการหารือกันอีกครั้งว่าจะใช้วิธีการใดจึงจะเหมาะสม แต่ขณะนี้ยังไม่ได้ตัดสินใจว่าจะให้ใครเข้ามารักษาการต่อจากนายพัฒนะพัฒนทวีดล อดีตรองเลขาธิการคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน(กพฐ.) ที่รักษาการผอ. องค์การค้าฯที่เกษียณอายุราชการไปแล้ว แต่ก็อยากหาคนที่จะมาเป็นตัวจริงเพื่อจะได้มาช่วยกันแก้ปัญหาซึ่งรวมถึงปัญหาหนี้สะสมขององค์การค้าด้วย
“ ในการประชุมคณะกรรมการองค์การค้าฯได้มีการหารือเรื่องนี้กันยาวว่าจะทำอย่างไรที่จะให้มีแผนปรับโครงสร้างหนี้ขององค์การค้าฯมิฉะนั้นดอกเบี้ยจะเพิ่มขึ้นไปเรื่อย ๆ องค์การค้าก็ต้องมาทยอยใช้หนี้ ซึ่งมีอยู่จำนวนมาก”รมว.ศึกษาธิการกล่าว